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| 南美白对虾肠道细菌抗生素抗性基因的研究 目录 第一章 绪论 1 1.1 引言 1 1.2 对虾养殖概况 1 1.2.1 南美白对虾养殖现状 1 1.2.2 抗生素在对虾养殖中的使用及残留 2 1.2.3 水产养殖中的耐药细菌产生 4 1.3 ARGs类型及作用机制 4 1.3.1 四环素类ARGs 5 1.3.2 磺胺类ARGs 5 1.3.3 喹诺酮类ARGs 6 1.3.4 大环内酯类ARGs 6 1.4 水产养殖中ARGs污染情况 7 1.5 ARGs的研究方法 7 1.6 课题研究意义目的及内容 9 1.6.1 课题研究目的 9 1.6.2 课题研究内容 10 第二章 对虾肠道中ARGs多样性分析 11 2.1 引言 11 2.2 实验材料 11 2.2.1 主要仪器设备 11 2.2.2 主要试剂 12 2.2.3 常用试剂配制 14 2.3 实验方法 15 2.3.1 样品采集和前处理 15 2.3.2 对虾肠道细菌总基因组DNA提取纯化 15 2.3.3 ARGs的PCR扩增反应 16 2.3.4 PCR产物纯化 19 2.3.5 ARGs克隆载体构建 19 2.3.6 ARGs测序比对分析 21 2.3.7 ARGs的Q-PCR反应 21 2.4 结果与讨论 22 2.4.1 各样品基因组DNA提取结果 22 2.4.2 ARGs的PCR检测结果 24 2.4.3 ARGs的Q-PCR检测结果 29 2.5 本章小结 30 第三章 可培养的肠道细菌抗生素抗性分析 32 3.1 引言 32 3.2 实验材料 32 3.2.1 主要仪器设备 32 3.2.2 主要试剂 32 3.2.3 培养基和常用溶液配制 32 3.3 实验方法 33 3.3.1 样品采集及前处理 33 3.3.2 ARB的分离培养 33 3.3.3 菌落计数 34 3.3.4 菌种保藏 34 3.3.5 菌种鉴定 34 3.3.6 ARB抗性基因型确定 35 3.4 结果与讨论 35 3.4.1 ARB菌落计数 35 3.4.2 菌种鉴定结果 37 3.4.3 ARB基因型确定 39 3.5 本章小结 40 3.6 42 第四章 基于宏质粒组的ARGs分析 43 4.1 引言 43 4.2 实验材料 43 4.2.1 主要仪器设备 43 4.2.2 主要试剂和耗品 44 4.2.3 常用试剂配制 44 4.3 实验方法 44 4.3.1 采样 44 4.3.2 宏质粒组DNA测序样品制备 44 4.3.3 建库测序流程 44 4.3.4 信息分析流程 45 4.4 结果与讨论 46 4.4.1 样品来源比较 46 4.4.2 样品质量检测结果 46 4.4.3 测序数据产量统计 47 4.4.4 Metagenome组装 48 4.4.5 基因预测及丰度分析 49 4.4.6 物种相对丰度 51 4.4.7 抗性基因注释 55 4.5 本章小结 59 结论与展望 61 |
